Desde el Neolítico, los testimonios del paso de las culturas más significativas del sur de España han dejado su huella en las tierras de la propiedad: pinturas rupestres y taller lítico en la Sierra de La Camorra, restos romanos (Mausoleo de La Capuchina) e importantes asentamientos árabes en sus inmediaciones.
Las raíces del cortijo La Capuchina como explotación agrícola se encuentran en los vestigios del periodo romano y su ubicación en los terrenos de la finca (villa romana de La Capuchina).
Ya en la época moderna, en la memoria de la casa ha quedado impresa la influencia de la orden religiosa de los Capuchinos.
La familia García Segura es propietaria del cortijo desde inicio de los años 80 y ha tenido como objetivo la implantación de las técnicas más modernas de cultivo, con respeto al medio ambiente y sin perder los valores de la tradición agrícola.