Fue fundada el 20 de noviembre de 1955 por un grupo de agricultores de Aldeanueva de Ebro. Meses después, hacia febrero de 1956, es cuando se elaboran los primeros estatutos y se comienza a construir la bodega. Aquellos socios fundadores se unieron con el objetivo de agruparse frente a los escasos compradores de la época que se aprovechaban de la dispersión de oferta de los viticultores de una pequeña localidad.
A lo largo de los años 60, la bodega se fue ampliando, debido a la plantación de nuevas hectáreas y por la incorporación de nuevos socios atraídos por el auge que fue tomando la sociedad.
Durante los años 70 se comienza a producir los primeros vinos embotellados, instalándose así la primera embotelladora con procesos muy manuales. Este vino se destina al consumo de socios y clientes de localidades cercanas.
Hacia los años 80 se apuesta por la comercialización dentro del mercado español y se sustituye la primera embotelladora por una más productiva y tecnológicamente mejor preparada. A finales de esta década Bodegas San Isidro S. Coop. adquiere parte importante de las acciones de Bodegas Berberana, pasando a ser el accionista mayoritario del grupo y ostentando la presidencia.
En 1995 se vende la participación en Bodegas Berberana y se emprende un proyecto de ampliación en elaboración y embotellado de gran envergadura, dándose los primeros pasos en la crianza de vinos. En estos años Bodegas San Isidro pasa a llamarse Viñedos de Aldeanueva para obtener de este modo una mayor distinción ya que un gran número de cooperativas se llamaban por aquel entonces como el patrón de los agricultores.