Fundada en 1994 por Amalio Aragón junto a sus hijos, los orígenes se remontan a 1970 cuando el padre comienza a adquirir pequeñas parcelas a viticultores vecinos, con la ilusión de algún día elaborar un vino de Quintana de Pidio. Cuando decide crear su propia bodega la llama Cillar de Silos en homenaje al monje que se encargaba históricamente de la intendencia en el Monasterio de Silos. El cillero, era el encargado de organizar la despensa o cillería, con el vino y los alimentos necesarios para el día a día de los religiosos.
Según tradición, el aprovisionamiento de vino para la orden durante el siglo XVII se hacía en Quintana del Pidio. Como testimonio de este hecho histórico que acredita el linaje vitivinícola del pueblo, la familia Aragón García optó por el sonoro nombre de Cillar de Silos para designar sus vinos y bodega.
Además, Cillar de Silos cuenta con una bodega subterránea que data de finales del S. XVII. Las condiciones naturales de humedad y temperatura (entre 11,5º y 12º C) son constantes durante todo el año y las idóneas para que los vinos finalicen el proceso de envejecimiento en botella.